Японией тайно управляет деспотичная группа ниндзя под названием "Шиногара". Их лучший убийца - человек по имени Канума Хаяте, чей отец возглавляет "Шиногару".
Хаяте, однако, знает, что контроль тайного общества над Японией ошибочен. Жертвуя собственной безопасностью, Хаяте убивает своего отца. Теперь он в бегах, почти нигде не защищенный от своих мстительных бывших товарищей, за исключением, возможно, единственного места, где он может спрятаться: у своей сестры. После того, как Хаяте, вероятно, был смертельно ранен, он смог перенести свою душу в тело своей сестры, временно разделив его с ней. Его сестра Шиори может пробудить Хаяте и призвать его способности ниндзя, когда "Шиногара" оказывается рядом, но каждый раз, когда она это делает, её истинная сущность понемногу теряется. Такое положение дел не может продолжаться вечно, так как же Хаяте в конце концов победит Шиногару?