Неизвестный доселе вирус Гастрея поставил Землю на грань гибели. Заразившиеся вскоре превращались в безумных чудовищ, уничтожающих все живое. Исключение одно – дети, родившиеся от матери, инфицированной на поздних сроках. Такие девочки (рождались только они) получали иммунитет и сверхспособности: силу, скорость, выносливость, но бывали и другие дары. В целом, человечество выжило по двум причинам. Первая – открытие материала под названием вараний: черного металла, подавляющего развитие вируса. Вторая – отгородившись защитой из вараниевых монолитов, уцелевшие людские анклавы научились использовать «проклятых детей». Теперь порядок поддерживают частные агентства, где служат команды из девочки-«инициатора»…
После разрушительного нападения пришельцев человечество было вынуждено покинуть Землю. Теперь люди живут на огромных космических кораблях, а с пришельцами бьются на специальных мехах, пилотом одного из которых станет и главный герой. Танигазе Нагате, всю жизнь живший в глубинах огромного космического корабля «Сидония» по стечению обстоятельств попадает на внешние уровни, населенные людьми. Капитан корабля лично встречается с ним и предлагает стать пилотом-стражником. Как раз в этот момент к кораблю приближается таинственное существо - гауна. Какова же роль Нагате в предстоящей битве с гауной?