Однажды на землю с небес упали карты, которые разлетелись по всему миру и попали в руки детей. Эти карты содержали изображения монстров, обладавших различными стихиями и уникальными способностями. Вскоре шестеро главных героев создали игру под названием «Бакуган» и разработали её правила. Они назвали свою команду «Отчаянные бойцы Бакуган». Однажды, когда все были увлечены игрой, в неё вступил загадочный игрок по имени Маска. Используя особую карту, он начал отправлять проигравших монстров в «Измерение смерти» — место, из которого нет выхода. «Отчаянные бойцы» решили остановить его, но это оказалось не так-то просто...

Спустя два года после событий первого сезона Дэн и его друзья наслаждаются мирной жизнью. Однако их покой прерывает открытие портала, из которого появляется Драго. Он просит своего бывшего напарника помочь ему спасти Новую Вестрою от захватчиков — вестов. Попав на Новую Вестрою, Дэн и сопровождающий его Маручо встречают бойцов Фронта Освобождения Бакуган: Миру из Сабтерры, Эйса из Даркуса и Бэйрона из Хаоса. Вместе они вступают в противостояние с шестью сильнейшими бойцами среди вестов — вексами.

Мирай - тринадцатилетняя девочка, которая живет в нашем с вами мире. Однажды она видит, как что-то падает в парк с небес. Заинтересовавшись, она берет плюшевого мишку Мофулуна и бежит смотреть, что это было. Там она встречает девочку, свою сверстницу, по имени Рико, летающую на метле. Мирай засыпает ее вопросами и узнает, что Рико прибыла из волшебного мира, чтобы найти Связующий Камень. В этот же миг появляется Бэтти, союзница темной волшебницы Докурокуси, и требует, чтобы Рико отдала ей Связующий Камень. Более того, с помощью темной магии она призывает чудовище Ёкубару! Мирай и Рико ничего не остается, кроме как взять друг дружку за руки и, сказав волшебное слово "Кюа-ап-рапапа", превратиться…

Кейти Минами - 14-летняя школьница, влюбившаяся без памяти в Дилана Юки, своего одноклассника. Однако Кейти стесняется даже поздороваться с ним, а тем более встречаться. И вот как-то раз мама девочки подарила ей чашку . Наливая горячее какао в новую покупку, она загадала желание. В следствии чего, внезапно, из кружки "выскочила" фея.А имя его – Мирумо, он фей любви! Поначалу они не ладили, но затем подружились, и Мирумо согласился помочь Кейти завоевать сердце Юки. Тем временем у Юки и у соперницы Кейти – Хидаки Азуми – тоже появляются феи!Жизнь Кейти с этого момента изменилась бесповоротно и, похоже, навсегда.