Оказавшись в световых годах от Земли, Гиперпространственная крепость Макросс несет город, населенный военными и мирными жителями, обратно домой. Дорогу приходится прокладывать через бои с зентради и мелтранди, объявившими человечеству межзвездную войну. Во время боя Макросс превращается в гигантскую меху, которой управляет пилот истребителя Итидзё Хикару. Многочисленные передряги позволяют ему узнать получше айдола города, Лин Минмэй. Их отношения развиваются, но не все их одобряют из-за высокого статуса и известности Минмэй. Война продолжается, положение на Земле остается неизвестным, а Хикару и его боевые товарищи отбивают атаки загадочного противника. Несмотря на кровопролитие, Хикару и Минмэй…

Человечество поняло, что не одиноко во Вселенной, когда в Землю врезался колоссальных размеров космический корабль. Опасаясь вторжения из космоса, страны объединились под знаменем ООН, отбросив национальные конфликты, противоречащие интересы и культурные различия. Только что основанные вооруженные силы ООН решили отремонтировать инопланетное судно и наречь его "Макросс". К сожалению, перед тренировочным полетом на Землю спустился флот пришельцев зентради. Макросс выходит из-под контроля и открывает огонь по кораблям, начав таким образом межзвездную войну. Экипаж пытается перенести Макросс на орбиту Луны, чтобы выйти из сражения, но корабль вместе с городом, в котором находился, телепортируется…