События GS:Destiny происходят по прошествии двух лет со дня окончания воины между EAF (натуралами) и PLANT (координаторами). Итак, между ними установился шаткий мир. Но недовольные этим миром есть как с одной, так и с другой стороны. Группа таких «недовольных» координаторов приводит в движение разрушенную колонию Юниус 7 и направляет ее прямиком на Землю. Падение ее вызовет уничтожение практически всех жителей Земли. С большим трудом падающая колония была взорвана силами ZAFT, но осколки наносят большой урон поверхности Земли. Это вызывает взрыв ненависти «натуралов» к «координаторам», и при поддержке «Синего космоса» конфликт вновь разгорается… И на протяжении 50 серий герои вновь берутся за…

На дворе 96 год Вселенского Века, активисты радикальной группировки космоноидов пытаются заполучить Ящик Лапласа. В это время юный студент Академии Анахайм по имени Банаджер случайно спасает прекрасную девушку по имени Одори. Но он никак не ожидал, что эта встреча так сильно изменит его жизнь. Волею случая он втягивается в новый конфликт человечества, где сыграет ключевую роль по его спасению. О любви, ненависти, отваге и чести расскажет новый проект студии Sunrise. В сюжете присутствует большое количество отсылок к основным произведениям оригинальной "вселенной"("0079", "Stardust Memory", "Zeta", "ZZ", "Char's Counterattack"), не посмотрев которые, будет сложно понять устройство мира, мотивацию…