Когда-то давно, когда завершилась кровавая мировая война, человечество укрылось в шести городах-государствах, в которых все живут в мире и спокойствии... По крайней мере, так выглядит снаружи. Но Сиону, представителю элиты города-государства Номер 6, открывается новый взгляд на мир, когда он встречает таинственного мальчика по имени Недзуми ("Крыса"). Он говорит, что живет за стенами утопических городов, в разоренных пустошах, как и многие другие. Несмотря на то, что мальчик - беглый преступник, Сион решает пустить его переночевать. У этого поступка оказываются катастрофические последствия: Сиона и его мать лишили статуса элиты и переселили в другое место. Теперь темная сторона города заявила…

Средняя школа Ашинака известна своей уникальной обстановкой: весь кампус построен на острове. Яширо Исана, он же Широ, обедает с котом на одной из школьных крыш. После обеденного перерыва Широ отправляется по поручению своего одноклассника Кукури, чтобы подготовиться к предстоящему школьному фестивалю, но его преследуют несколько устрашающе выглядящих мужчин.

В недалеком будущем Япония пережила очередную войну и медленно, с трудом, снова поднимается из руин. Любая война – это ломка обыденности, театр разрушения, на сцене которого нет места добру и злу, а есть только цель и средства. Но рано или поздно жизнь входит в привычное русло, и вчерашние герои зря надеются, что «война все спишет». С такими мыслями персонажи отправляются на бал в старинном стиле, который устраивает Кано, крупный политик и бизнесмен. Будучи под следствием по подозрению в наживе на военных поставках, хозяин дома желает сохранить лицо и сделать громкое заявление, но… падает на сцене с ножом в спине. Но по иронии судьбы на балу уже собрались лучшие специалисты Японии по расследованию…