События фильма происходят спустя три года после того, как в Японии, впервые за тысячу лет, упала комета. В центре сюжета "истории о чудесах и любви" оказываются Мицуха и Таки. Мицуха - старшеклассница из провинциального городка, затерянного в горах. Её отец - местный мэр, который редко бывает дома, так что большую часть времени она живёт с младшей сестрой, учащейся в начальной школе, и бабушкой. Мицуха - честная девушка, но ей не нравятся обычаи её семейного синтоистского храма и тот факт, что отец опять участвует в выборах. И вообще, её не прельщает жизнь в сельской местности, вместо этого она мечтает о чудесах большого Токио. И однажды ей снится, что она парень из столицы... Таки - старшеклассник,…

Самопровозглашенный безумный ученый Окабэ Ринтаро арендует комнату в разваливающемся здании в Акихабаре. В ней он предается своему хобби - изобретению "гаджетов будущего" вместе с легкомысленной подругой детства Синой Маюри и хакером-извращенцем Итару Хасидой по прозвищу Дару. Втроем они работают над самым многообещающим из своих приборов - "мобиловолновкой", превращающей бананы в кучки зеленого геля. Хотя само это явление сродни чуду, желанного научного прорыва оно Окабэ не приносит. По крайней мере, так было, пока серия загадочных событий не приводит их к выводу, что они невольно добились успеха - "мобиловолновка" может посылать электронные письма в прошлое, меняя ход истории. Окабэ погружается…

Смотря новости, Ханагаки Такэмичи узнаёт, что его подруга из средней школы, Тачибана Хината, умерла. Единственная девушка, с которой он когда-либо встречался, была только что убита группировкой, известной как токийская банда Манджи. Он живет в никудышной квартире с тонкими стенами, а его босс, на шесть лет младше Такэмичи, обращается с ним как с идиотом. Да к тому он абсолютный девственник в свои двадцать шесть... Попав под поезд, Такэмичи не лишается своей жалкой жизни, а непонятным образом переносится на двенадцать лет назад, в школьные годы! Чтобы спасти Хинату и изменить свою жизнь, заручившись поддержкой младшего брата Хинаты, Такэмичи начинает свой путь к вершинам самой опасной группировки…

Тамаки Цуру, первокурсница Университета Аонаги, слишком усердно увлекалась волейболом, когда училась в старшей школе. После того, как её чувства отвергли из-за спортивного телосложения, она присоединилась к теннисному клубу в колледже, чтобы быть менее спортивной. Однажды она случайно попала теннисным мячом в Дайсукэ, когда он перевозил планер, повредив его. Тамаки была предъявлена претензия на возмещение стоимости ремонта в размере двух миллионов иен, но, поскольку девушка не могла выплатить такую большую сумму, она вступает в авиационный клуб спортивной ассоциации в качестве помощницы.

Холодным рождественским утром Кён отправляется в школу, чтобы отметить праздник с "Командой SOS". Неожиданно он выясняет, что Судзумия Харухи словно исчезла, и никто не помнит ни ее, ни ее кружок. Асахина Микуру боится Кёна. Коидзуми Ицуки тоже пропал. Нагато Юки совсем замкнулась и стала единственной участницей литературного клуба, занявшего помещение "Команды SOS". Жизнь Кёна перевернулась вверх дном, словно кто-то сыграл злую шутку. Ему придется как-то приспосабливаться к этим изменениям, хоть он и не верит в сверхъестественное. Но, может, оно и к лучшему? (c) FindAnime